تعتبر رعاية وكفالة الأيتام من أهم أنشطة ومشاريع المؤسسة منذ تأسيسها بل هو يتعبر حجر الزاوية في أنشطتها ومشاريعها، ونظرا لأهميته فقد أنشأت المؤسسة قطاعا خاصا بالأيتام تأسس وأنشأ هذا القطاع مع تأسيس اللبنة الأولى للمؤسسة.

والكفالة في مؤسسة الشوكاني.. تنقسم إلى قسمين :

1.  كفالة تامة (داخلية) : حيث تعتبر مؤسسة الشوكاني.. أول مؤسسة خيرية أهلية في اليمن تُعنى برعاية الأيتام في الأقسام الداخلية، يحظى هؤلاء الأيتام بكامل الرعاية من (مأكل ومشرب ومسكن وصحة وتعليم – نظامي ومهني -..)، وقد بلغ عدد المستفيدين والمتخرجين من هذا القسم حوالي (8000) يتيم.

هذا وبفضل الله عز وجل فإن للمؤسسة أكثر من دار إيواء للأيتام في محافظات مختلفة.

• كفالة جزئية (خارجية) : وهي عبارة عن كفالة اليتيم/ة وهو مقيم مع أسرته حيث تعطى له كفالة دورية ويتم متابعته باستمرار عن مستواه التعليمي والصحي… ورفع تقارير بذلك، وقد بلغ عدد المستفيدين في هذا القسم أكثر من (60.000) يتيم ويتيمة – منذ تأسيس المؤسسة قبل (29) عاما إلى يومنا هذا – يتوزع هؤلاء الأيتام على معظم محافظات الجمهورية، – إن لم نقل كلها – وقد تناقص عدد الأيتام في الفترة الأخيرة نظرا للظروف والأوضاع التي تعيشها وتمر بها البلاد.
• وهناك أيضا خدمات أخرى مساندة تقدم للأيتام وأسرهم ( تربوية ، مهارية ، دعم نفسي… ).

وحاليا تقوم المؤسسة بتسويق كفالة عدد (4000) يتيم ويتيمة من مختلف محافظات الجمهورية وذلك ضمن برنامجها التسويقي تحت عنوان حملة (اكفلني).